멸균된 핀셋으로 여과막을 눈금이 위로 가게 하여 여과장치의 지지대 위에 올려 놓은 후 막여과장치의 깔대기를 조심스럽게 부착시킨다.

페트리접시에 20~80개의 세균 집락을 형성핟록 시료를 여과한 상부에 주입하면서 흡인여과하고 멸균수 20~30mL로 씻어준다.

여과하여야 할 예상 시료량이 10mL보다 적을 경우에는 멸균된 희석액으로 희석하여 여과하여야 한다.

총대장균군수를 예측할 수 없는 경우에는 여과량을 달리하여 여러 개의 시료를 분석하고 한 여과 표면위의 모든 형태의 집락수가 200개 이상의 집락이 형성되도록 하여야 한다.